Achrei Mos. Mitzvos D'oraysa that are Harchakos

It is reasonable to assume that the issurim in the Torah are intrinsic issurim, and it is Chazal's job to make transgression less likely by expanding the issur to acts that might lead to those primary prohibitions. For example, the issur of the Torah is only meat cooked with milk, to the extent that many rishonim hold that broiling is not included in the issur, and midoraysa, cheeseburgers are kosher. But it was clear to Chazal that if one could eat meat and milk that are merely mixed together, people would inevitably forget the issur to cook them together. So they prohibited broiling them together, and even eating meat and milk together, and even chicken and milk together, and they even prohibited eating milk until the next meal after one has eaten meat or chicken. Chazal's tremendous expansion of the issur makes it clear that the issur of Basar b'chalav really needs harchakos and gedarim - but the Torah left that to the Chachmei Yisrael. It would appear that Siyag and Geder are the purview of Chazal.

This is not necessarily true. There are Torah prohibitions that can be understood as motivated by a need to prevent other things from happening. They are not inherently wrong, they are prohibited because of the need to prevent what they might lead to.

One might think that such prohibitions would be less strict, and might be more easily waived where some immediate need would be served, where some good might result, which would be prevented by enforcement of the prohibition. 

This is also not the case. The application and severity of these "Geder Issurim" or "Siyagim"  is indistinguishable from that of the primary issurim. Once the Torah assered, we do not have the right or ability to limit the application of the issur. Just because in our Torah it is given as a siyag does not mean that it does not have innumerable and unknowable rationales.  Additionally, we do find that secondary issurim can have a stringency similar to the primary, such as in the case of אביזרייהו of Arayos and Avoda Zara. (Famously, the Ramban, perhaps even to the extent of Harchakos Derabanan-  שלש עבירות הללו לא שנא בעבירה גופא ולא שנא באבקה של עבירה אין מתרפאין בהם כלל)

King of the examples is Rabbeinu Yonah in Shaarei Teshuva 3:80.

איש איש אל כל שאר בשרו לא תקרבו (ויקרא יח). כל קירוב בשר אסור כגון הנגיעה בידי אשת איש. ופירושו - לגלות ערוה. כי הקריבה מביאה לידי ערוה. וכי תאמר בלבבך איפה נמצא בכתוב כי גדרה התורה גדר כי תאמר אשר אסרה מגע יד ליד להיות גדר לעבירה. נשיבך דבר. הנה במצות הנזיר אשר עיקר נזירותו פן ישתה וישכח מחוקק או יתעהו רוח זנונים. אוסרתו התורה מכל אשר יעשה מגפן היין. וכל זה לגדר הרחקה ממשתה היין. 

I assume that Rabbeinu Yonah is only in concordance with the Rambam in Sefer HaMitzvos about negi'yah and yichud, and fundamentally contrary to the Ramban there.
Rambam Mitzvos LS 353

שחבק ונשק דרך תאוה ונהנה בקרוב בשר הרי זה לוקה מן התורה, שנאמר לבלתי עשות מחקות התועבות וגו' ונאמר לא תקרבו לגלות ערוה, כלומר לא תקרבו לדברים המביאין לידי גילוי ערוה

The Ramban holds that this is all miderabanan (which is what forced him to say that derabanans are yeihareig, because that is what he has to see in Sanhedrin 75a ימות ואל תעמוד לפניו ערומה.)

UPDATE:

From R Amiel Naiman on February 17 2023:

The Torah doesn’t say “Don’t lie”.    It says to “distance yourself from lying”.     מִדְּבַר־שֶׁקֶר תִּרְחָק

Very similar to Rabbeinu Yona! Yasher koach.

Also, (R D Gary Schreiber's ha'ara) Shemos 19:12, the mitzva of Hagbala of Har Sinai, where Rashi says

והגבלת - קבע להם תחומין לסימן שלא יקרבו מן הגבול והלאה. לאמר - הגבול אומר להם השמרו מעלות מכאן ולהלאה, ואתה הזהירם על כך

Additionally, the Ohr Hachaim there says that the three day hagbala was in order for the Jews to get used to not pushing their way past the line, one of our incorrigible national traits, so that come Mattan Torah, they would be used to it.

והגבלת - נראה שאין מצות הגבלה זו אלא ליום ג', ואף על פי כן הקדימה מעתה, כדי שינהגו בו כבוד מעכשיו, גם ירגילו עצמם להתרחק ממנו בג' ימים, ורחוק שיתקדש ההר מיד ויתחייבו עליו קודם רדת שכינתו יתברך

See, too, the Chinuch in 416, who explains the issur of desiring another's personal property as a Siyag to prevent unlawful taking. The Chinuch attributes this to the Rambam as well.

שלא להתאוות ממון חברו - שנמנענו לקבע במחשבתנו להתאוות מה שביד אחד מאחינו בני ישראל, לפי שקביעות המחשבה בתאוה על אותו דבר יהיה סבה לעשות תחבולה לקחת אותו ממנו, ואף על פי שאין רצונו למכרו, או על ידי מקח או חליפין או בחזקה, אם לא נוכל בענין אחר. ועל זה נאמר (דברים ה יח) ולא תתאוה בית רעך וגו'. וכתב הרמב''ם זכרונו לברכה (ספר המצוות ל''ת רסו) שאין שני הלאוין שהן לא תחמד שבסדר וישמע יתרו, ולא תתאוה שבסדר זה לאוין כפולין בענין אחד, אבל הם שני ענינים שלאו דלא תחמד ימנענו מלקחת בשום צד, בין בדמים בין שלא בדמים מה שקנו זולתנו אם איננו חפץ למכר אותו דבר, ולאו זה דלא תתאוה ימנענו אפילו התאוה בו בתוך לבנו, כי עם התאוה, יבוא להתחנן לו ולהכביד עליו למכרו או להחליפו לו בכלי אחר על כל פנים. ואף על פי שהאחד מאלו הלאוין מושך את חבירו שנים יחשבו מכל מקום, והרי אתה רואה החלוק שביניהם.

Then you have the explicit ones, such as (Devarim 17:17)  ולא ירבה לו נשים ולא יסור לבבו.

Above, we offered the issur of meat and milk as the classical example of an issur that cries out for harchakos, but the Torah left those Harchakos to the discretion of Chazal. I believe that this halacha itself does includes a Harchaka decreed by the Torah. The Rambam (Mishnayos Krisus 3:4, the נקודה נפלאה,) says that the Torah made cooked meat and milk assur b'hana'ah only secondarily to the issur of eating it. If for any reason the issur of eating it is not invoked, even if only because a pre-existing issur interfered with the invocation of the new issur, no issur hana'ah can exist. To me, this implies that the issur hana'ah only exists as a siyag to prevent transgression of the issur achila.

ויש במה שנשאנו ונתננו עכשיו נקודה נפלאה אנו מייעדין עליה לפי שהיא מפתח לעניינים אחרים ומוסף על מה שיש בה מדקדוק העיון וזה שידוע הוא שבשר בחלב אסור בהנאה והחלב דרך (משל) [בישול] מותר בהנאה לכשיבושל החלב עם החלב למה אינו חל איסור בשר בחלב על איסור חלב והוא ההיקש בנבילה שהוא איסור מוסיף כמו שאמרנו כאן בחלב הקדשים ונתחייב על אכילתו מעילה לפי שניתוסף בו איסור הנאה?

והתשובה על זה שבשר בחלב נאסר בהנאה מפני שאסרו הכתוב לאכילה כמו שהקדמנו שכל איסור האכילה אסור בהנאה עד שיפרט לך הכתוב ואין שם כתוב שאוסר אכילתו וכתב איסור הנאתו רק שני העניינים יחד הם איסור בשר בחלב ולפיכך כשאנו אומרים אין איסור חל על איסור לא יחול איסור בשר בחלב על איסור נבילה ולא יהיה אסור בהנאה אבל הוא מותר בהנאה והאוכל ממנו לוקה משום נבילה ואין שם איסור בשר בחלב כל עיקר לפי שלא חל ולא תהיה הקושיא במקומה עומדת ויהיה כמו חלב קדשים בשוה אלא אם אמרנו עליו שהוא אסור בהנאה כמו שאנו אומרים בקדשים והאוכל ממנו אינו חייב משום בשר בחלב אז היה ראוי להקשות ואין הדבר כן אלא אנו אומרים שבשר זה בחלב לא נאסר בהנאה אלא תראה המשנה אמרה בפירוש שבשר בהמה טמאה מותר לבשל בחלב ומותר בהנאה וכבר נתבאר זה במקומו וזכור הענין מפני שהוא מטעה הכל ותקיש עליו בכל הדומה לו:

In a coincidence, the Likut Shallal Rav in the beginning of Achrei Mos brings something on this line from Reb Moshe Mordechai. Having read a good deal of Reb Moshe Mordechai's Torah, I venture to say that either this piece is badly written or it wasn't meant seriously, because something is not right. Still, it's on topic, and it's quoted from Reb Moshe Mordechai, who never said a krum thing in his life, so here it is. The idea is that the issur of ביאה ריקנית is a Harchakah to prevent bringing Eish Zarah.

תמה הגאון בעל ”לבוש מרדכי", מה מקום יש להזהיר את אהרן שלא יבא בכל עת אל הקודש, וימות כדרך שמתו בניך', הלא נדב ואביהו לא משום ביאתם אל הקודש נענשו ומתו, אלא משום שהקריבו אש זרה במזבח.

ברם, מצינו אצל נזיר שכל עיקר איסורו הוא בשתיית יין, ובאה התורה ועשתה גדר וסייג לאיסורו ואסרה עליו גם מחרצנים ועד זג. וכיון שכך נאסר הסייג ממש כעיקר האיסור, וחרצנים נאסרים ממש כשם שהיין עצמו אסור. 

כמו כן כאן, כיון שנדב ואביהו בבואם אל הקודש פנימה הגיעו לידי כך שהקריבו אש זרה, ממילא נתעורר שבעתיים הצורך לעשות סייג וגדר, על ידי איסור מוחלט של ביאה ריקנית אל הקודש. ואף שלא חטאו בדבר זה עצמו, שהרי טרם נאסר עליהם, אבל כיון שאם היו נשמרים ונזהרים ממנו לא היו באים לידי חחטא החמור, מחייב הדבר לאסרו. וכיון שכך הרי לענין האזהרה, נחשב הדבר כאילו משום איסור זה עצמו מתו. 

מפי רבי משה מרדכי אפשטיין

רשימות הרה״צ  שמואל זילברמן ז״ל

So we have these examples:
1. Harchaka by Arayos and Harchaka by Sheker
2. Grapes for a Nazir
3. Hagbala by Sinai
4. Lo Sachmod
5. Issur Hana'ah by Basar b'Chalav
6. Biah Reikanis



After writing this, we received a comment from Rabbi Reuven Chaim Klein, a scholarly and prolific author, who referred us to an article he wrote on this topic. It is far, far, better researched than this post, and includes almost everything we've brought down, with the exception of the din Hagbala by Sinai and the Rambam's Nekuda Nifla'ah, (the relevance of which we understand that reasonable people might contest,) and Lo Tis'aveh.  Reb Chaim's article can be found here, and his bio here. He mentions that Reb Yosef Engel wrote on this as well in his לקח טוב כלל ח׳.
What I found most interesting was the Mizrachi Reb Chaim brings - 

ומדסתם הרמב״ם את דבריו ולא הדגיש באיסור בניית אכסדראות של עץ במקדש שלוקין עליו דייק המגיד משנה (ע״ז פ״ו ה״ט-ה״י) דבאמת אין לוקין על לאו זה משום דמדרבנן הוא דמיתסר וקרא אסמכתא בעלמא היא. וכן דייק ר״א מזרחי(דברים טז:כא) מהא דכתב הרמב״ם שנאסר כל בנין של עץ אע״פ שאינו עץ נטוע מהרחקה יתירה שהוא איסור מדרבנן דאילו מדאורייתא לא מצינו שאסרה דבר משום הרחקה 

By the way, Reb Chaim brings from Reb Dovid Goldberg's peirush "Meshivas Nafesh" on the Shaarei Teshuva that now that the Torah assered, albeit as a siyag, it acquires self standing status, as I pointed out earlier in this post. Reb Chaim points out that the Tzitz Eliezer says the contrary. I just want to add that the Chinuch in 416 which I quoted above also points out that despite being a siyag, the issur becomes self-standing in application.  Here is what Reb Chaim says.

ג הרי דמסברא חיצונה לא הוי אמרינן שאסרה תורה דבר משום סיג' דדבר זה נמסר לרבנן כמש"נ עשו משמרת למשמרתי' ולזה טרח רבינו להביא ראיה שגם מדאורייתא לפעמים יש איסור שהוא רק משום סיג כענין יין בנזיר שמצד איסור יין לנזיר לא הוי אסרינן אכילת ענבים אבל התורה אסרה אכילת ענבים משום סיג שלא יבא לשתות יין אבל מ"מ צריך להוסיף דאף שכוונת התורה באיסור זה הוי משום סיג אבל עכשיו שנאסר הרי זה איסור בעצם ואפילו שחוף דאינו יכול לבעול למ"ד משמש מת בעריות פטור ג"כ אסור בלאו דלא תקרבו כמו לענין אכילת ענבים דפשוט הוא דעכשיו יש איסור בעצם בהם אפילו שלא בתורת סיג ודבר זה מפורש בדברי המסלת ישרים פרק י"א וז"ל ואם לחשך אדם לומר שמה שאמרו על נבול פה אינו אלא כדי לאיים ולהרחיק אדם מן העבירה ובמי שדמו רותח אמורים שמדי דברו בא לידי תאוה אבל במי שאמרו דרך שחוק בעלמא לאו מילתא היא ואין לחוש עליו וכו' אלא האמת הוא כדברי ח"ל שניבול פה הוא ערותו של הדיבור ממש ומשום זנות הוא שנאסר ככל שאר עניני הזנות חוץ מגופו של מעשה שאע"פ שאין בהם כרת או מיתת ב"ד אסורים הם איסור עצמם מלבד היותם ג"כ גורמים ומביאים אל האיסור הראשון עצמו וכענין הנזיר וכו' עיי"ש 

Here's the Chinuch, again-ואף על פי שהאחד מאלו הלאוין מושך את חבירו שנים יחשבו מכל מקום.




Finally: 
Reb Yosef Engel, Lekach Tov, Klal Ches, and in the Hosafos there, found nineteen dinim in the Torah that are משום סייג.